インドネシアのバリ島から東に約500㎞、スンバワ島とフローレス島の間（フローレス島側に近く）約2,500㎢に広がる大小100程の島々が点在するエリア（コモド諸島）海域を指します。
このエリアはインドネシアの熱帯雨林気候に属しながらも、西オーストラリアからの季節風の影響より唯一のサバンナ気候（乾季にはほとんど雨が降らず、雨季であっても少雨量）となりその景観は通常のインドネシアと一線を画します。
またこのコモド諸島は、北はフローレス海、南はインド洋に面し、それらを結ぶ海峡中の島々は、陸上水中を問わず生物学的・生態学的に特徴的であるため1991年に海を含む約2,200㎢が世界自然遺産に登録され、国定公園としても、その自然と動植物は厳重に保護されています。
この地域のみで見られる野生のコモドドラゴン（学名：Varanus Komodoensis）、その大きさから恐竜の生き残りでは？と言われる事が多く、大きいものでは成体で体長３m、体重１３０kg以上にも達します。
生物学的には有隣目・大トカゲ属に属し、現在コモド諸島で野生のコモドドラゴンが確認できるのは、コモド島、リンチャ島、ヌサコデ島、モタン島の4島で、その生息数2013年の調査より、コモド島2,921頭、リンチャ島3,238頭、ギリモタン島43頭、ヌサコデ島99頭の合計約6,300頭の生息が確認されております。
現在、世界の中で野生で確認できるコモドドラゴンは上記４島の頭数のみとなり、よって絶滅の恐れよりワシントン条約によって「国際希少野生動植物種」（CITES：付属書Ⅰ有隣目）に指定されており、従って４島では野生の状態を基本に厳重に保護されております。
コモドの水中景観はポイントによって変化に富み皆さんを飽きさせる事はありません。 キャニオン・ドロップオフ・ピナクル・隠れ根・岩地・砂地・泥地・マングローブエリア等、すべての環境を網羅し、それら環境を好む生物層の違いを楽しむ事も出来ます。
特に、コモドならではの（コモドの名前がついた）希少な固有種が生息しており、クルーズ中に観察する事ができます。
コモド諸島の北側、温暖な透明度の高いフローレス海に面し、南側は栄養分を多く含む深層水が湧昇するインド洋に面しており、これらの海が海峡によって結ばれ混ざり合うエリアとなります。
従って、北の暖かい海水と、南の栄養分の高い海水が混ざり合う事によって、水中生物の発育に大きな影響を与えると共に海洋生物にとって最適な生息エリアとなり、他で類を見ないほどの豊富な海洋生物層となります。
コモド諸島北側は、西部太平洋から流れ込む温暖な透明度の高いフローレス海となり、ダイナミックな地形と大型回遊魚（イソマグロ、ロウニン＆カスミ＆ギンガメアジ、ツムブリ、グレイリーフシャーク、ナポレオン、マダラトビエイ、グレートバラクーダ等）を見る事が出来ます。
特に、タカサゴやウメイロ類を狙うロウニンアジが群れををなして捕食するシーンは圧巻で、早朝・夕方等のダイビングではイルカにも高確率で遭遇し、運が良いと捕食シーンを見る事も出来ます。
コモド諸島南側は南東貿易風と西オースラリア沖で発生する湧昇流の影響によって栄養分の高い海水が入り込み、これら養分の高い海水を求める水中生物を多く見る事ができます。
北側とは全く違った海を体感すると共に、その素晴らしき色鮮やかな海中世界は大変フォトジェニックで可憐な場所でもあります。 （但し、これら海水の影響によって、透明度、水温が低くなる所でもあります。）
また、通年通しマンタが見られるポイントも南側にあり、ブラックマンタの遭遇率も高い場所です。
毎年４月５月、９月１０月の新月廻りではイレズミフエダイの群れが現れるポイントもあり、また季節によってジンベイザメ、マンボウ、クジラ、シャチ等に遭遇する事もございます。
北の温暖な透明度の高い海水と、南の栄養分豊富な冷たい海水が入り交じる中部エリアは生物にとって大変理想的な生息エリアとなります。
特に珊瑚（ハード＆ソフト）が素晴らしく、それらを隠れ家とする魚達も各種確認するとともに、それらを狙う肉食回遊魚も多く見る事が出来ます。
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